La cripta familiar de la familia Menéndez Pelayo se realizó en un terreno permutado por otro de la vieja necrópolis de San Fernando. En este lugar se inhumó inicialmente a Marcelino Menéndez Pelayo (1856-1912), hasta que el 25 de agosto de 1956 sus restos fueron trasladados a la Catedral de Santander. Menéndez Pelayo estudió en la Universidad de Barcelona con Manuel Milá y Fontanals y se licenció en Filosofía y Letras en la Universidad de Valladolid. Gracias a una beca concedida por el Ayuntamiento y la Diputación de Santander, viajó por Portugal, Italia, Francia, Bélgica y Holanda. Ejerció como catedrático en la Universidad de Madrid pero también fue miembro de la Real Academia de la Lengua (1880), diputado de Las Cortes (1884-92), director de la Biblioteca Nacional de España (18981912) y director de la Real Academia de la Historia en 1909. Fue un incansable trabajador de la «ciencia literaria», hecho que se refleja en sus palabras poco antes de morir: «¡Que lástima tener que morir cuando me queda tanto por hacer!», escrita en el libro que sujeta con su mano en el monumento funerario de Victorio Macho que se levantó en su honor en el edificio catedralicio.
En la actualidad, entre otros, se encuentran inhumados:
Juan Pelayo (1830-1893): cirujano eminente que, siendo director del hospital de San Rafael, falleció por atender hasta la extenuación total a los heridos en la catástrofe del “Cabo Machichaco” y Enrique Menéndez Pelayo (1861-1921): médico y primer bibliotecario del tesoro bibliográfico que logró formar su hermano D. Marcelino.
En 2018, bajo solicitud del doctor en historia don Antonio Santoveña,- con el apoyo de Rosa Fernández Lera, ultima directoria de la Biblioteca de Menéndez Pelayo-, al presupuesto participativo del Ayuntamiento de Santander, una propuesta que resultó seleccionada para su ejecución en el marco de esta iniciativa municipal, pudo ser restaurada y consolidada la cripta familiar, obras ejecutada por la empresa Construcciones y rehabilitaciones técnicas del Norte CORTEN S.L.
